五子棋是起源于中國古代的傳統(tǒng)黑白棋種之一。現(xiàn)代五子棋日文稱之為“連珠”，英譯為“”。日文中還曾有“五目碰”、“五目”、“五格”、“串珠”等稱謂，英文也有“”，“”，“Five in row”(FIR)，“ 5”，捷克語“”，韓語“omok”……

現(xiàn)在國際已公認五子棋起源于中國，國內(nèi)目前的說法有兩種：一說早于圍棋，早在“堯造圍棋”之前，民間就已有五子棋游戲；一說源于圍棋，是圍棋發(fā)展的一個分支。歐洲方面則取古老的說法：五子棋首次被提及是在約公元前2000年，出現(xiàn)在中國的黃河流域。同時他們也認為在古希臘以及被哥倫布發(fā)現(xiàn)前的美洲，類似五子棋這種游戲也有跡象顯示其有獨立的起源。不過就像圍棋的起源一樣，關(guān)于五子棋的起源也沒有具體的文獻史料佐證。

五子棋大約隨圍棋一起在我國南北朝時先后傳入朝鮮、日本等地。據(jù)日本史料文獻記載，中國古代的五子棋是經(jīng)由高麗(朝鮮半島)，于1688年至1704年的日本元祿時代傳到日本的。但也有日本人爭論，五子棋是由日本人發(fā)明并流傳下來的競技，日本已故小說家、同時有著八段稱號的川口直樹先生，生前曾經(jīng)非常深入地研究過五子棋的歷史。有關(guān)五子棋曾有這樣一段記載：大概從戰(zhàn)國時代(大致是豐臣秀吉掌權(quán)時代)后不久開始有五子棋，進入德川時代后便急劇出現(xiàn)。事情的起因是這樣的，皇宮中的女侍們從干活的同伴那里拾來小石子，把它們排列成五個子以取樂，后來進出皇宮的商人們回到家鄉(xiāng)后，把這種有趣的游戲向孩子們和衙役官員們傳播，教給他們玩法。另外，第一本有關(guān)五子棋的書籍也是1858年在日本出版。不過歐洲方面仍然認同五子棋最早是在中國出現(xiàn)的。

雖然五子棋最早起源于中國，但對于其發(fā)展貢獻最大的則是日本。五子棋在中國沒有被引起重視，但在日本的地位則得到提高。經(jīng)過大量實戰(zhàn)對弈以及高手研究，發(fā)現(xiàn)五子棋執(zhí)黑先行優(yōu)勢很大?！度f朝報》（明治25年創(chuàng)刊）于明治32年(公元1899年)9月連載《五目碰必勝法》，引起很大反響，執(zhí)黑必勝使五子棋失去了比賽和研究的意義，因此逐漸開始對五子棋規(guī)則進行改革。最初由于黑棋多以迅速得到雙活三棋形而取勝，大約在1880年前后，日本開始出現(xiàn)對黑棋以三三取勝的蔑視風(fēng)潮，執(zhí)黑者以三三取勝為恥，而盡量避免這種勝之不武的取勝之道，由此開始了對各種禁手的研究。大約經(jīng)過了50年左右時間，到1930年代初，才形成了完整的禁手理論。

開始的時候先手方與后手方都有“三三禁手”的規(guī)定。在明治33、34年時期(1900、1901年)，由萬朝報社社長、當(dāng)時公認的第一高手黑巖淚香先生(第一世名人，號“高山互樂”)掀頭，召集了許多高手商議對五子棋進行改革。規(guī)定黑方禁止走“三三”，白棋可自由走子；黑巖對當(dāng)時將五子棋稱為“五目碰”的這種含輕視的稱謂表示遺憾，于是公開征名，正式確立“聯(lián)珠”這一名稱，取“日月如合璧，五星如聯(lián)珠”(《漢書》)之意（現(xiàn)寫作“連珠”）；并且將前三手開局棋形規(guī)范化，分為桂、間、連三種類型，每種7個共21個開局；還決定對段位進行分段，為以前的高手追加段位。

1912年規(guī)定，黑方因防御被迫走三三也判負；白方長連判勝，在這之前，雙方走出五連以上(長連)是無效的。

1916年規(guī)定，黑方長連判負。

1918年規(guī)定，黑方不允許走“四三三”，“五三三”仍可。

1931年規(guī)定，黑方不允許走“四四”，并且棋盤由縮至；1936年，第三世名人高木樂山成立“日本聯(lián)珠協(xié)會”，推行上述規(guī)定。

二戰(zhàn)使日本連珠的發(fā)展一度停滯，而戰(zhàn)后連珠屆則各自立門戶，其中一派主張維護舊有的十九道棋盤，另一派則要最終改進成十五道棋盤。直到1966年，日本聯(lián)珠協(xié)會、日本聯(lián)珠聯(lián)盟、新日本連珠社合并，成立“社團法人、日本連珠社”，并統(tǒng)一規(guī)則：十五道盤，黑三三、四四、長連禁手；將早前21種開局棋形增加至24種(禁止后手方指定禁手下白必勝的游彗星)。

有說法指在20世紀初，現(xiàn)代五子棋就傳入了歐洲。1958年2月，瑞典連珠協(xié)會建立；1979年8月前蘇聯(lián)連珠聯(lián)盟成立，并且在各加盟共和國中流行起來。歐洲人根據(jù)日語“五目”和“連珠”的發(fā)音，創(chuàng)造了“”和“”兩個拉丁詞。1988年8月8日，在奈良秀樹、早川嘉美等日本棋手的游說和倡導(dǎo)下，國際連珠聯(lián)盟( ，簡稱RIF)在瑞典的斯德哥爾摩正式成立，創(chuàng)始國為日本、前蘇聯(lián)、瑞典，將日本連珠社的規(guī)則作為官方規(guī)則。第一屆世界連珠錦標(biāo)賽于 1989年在日本舉行，參加比賽的就是日本、前蘇聯(lián)和瑞典三個國家，此后每兩年舉辦一屆，直到現(xiàn)在共舉辦了十屆。1990年代初，前蘇聯(lián)加盟國相繼獨立，加盟RIF的國家增至八個，他們分別是日本、俄羅斯、瑞典、亞美尼亞、阿塞拜疆、愛沙尼亞、拉脫維亞和白俄羅斯。中國于1996年加入該組織，并成立 機構(gòu)的。芬蘭、捷克、韓國、加拿大等也相繼加入。

據(jù)說早在20世紀20年代就有人提出五手二打的設(shè)想；而在1973年，日本的三好丈夫七段提出了三手可交換的方法，但并沒有引起多少人的關(guān)注。1987年奈良秀樹七段再次重提三手可交換的觀點，并對三手可交換的早期實現(xiàn)提出了具體措施。1988年4月日本正式采用五手二打規(guī)則，且同年9月第26期全日本連珠名人戰(zhàn)A級聯(lián)賽起，試驗采用開局三手可交換規(guī)則，但此時前三手仍是黑白雙方一人一手走出來的。1995年第33期名人戰(zhàn)才正式采用了三手可交換規(guī)則，同時決定前三手均由假先方布局的指定開局法。至此，現(xiàn)行的RIF規(guī)則(26種開局、禁手、三手交換、五手二打)才最終成形。

而五子棋的另一分支無禁手的五子棋在中歐波蘭、捷克等國比較流行，為了限制黑棋優(yōu)勢，引入了交換規(guī)則，并且第一手不限天元，雙方五連以上無效。RIF組織下設(shè)立了五目()委員會，在舉辦世界連珠錦標(biāo)賽的同時，也同時舉辦的世界錦標(biāo)賽。

中國長久以來五子棋一直沒有得到發(fā)展，民間流行、為大眾熟知的主要是那種沒有禁手，且沒有任何規(guī)定限制的原始五子棋(黑方先行必勝)，直到20世紀90年代才開始引進現(xiàn)代五子棋規(guī)則。此后的十多年的時間里，五子棋在民間迅速普及。北京是五子棋發(fā)展最早也最普及的地區(qū)，1992年成立了我國第一個五子棋民間組織——京都五子棋社。在北京的帶動下，其他地區(qū)也先后成立了五子棋組織，如天津、上海、廊坊、秦皇島等等。1999年，中國北京舉辦了第六屆世界連珠錦標(biāo)賽。2000年12月，中國棋院召開了非正式比賽棋類項目座談會，包括五子棋在內(nèi)的一些棋類項目的負責(zé)人或發(fā)明人會聚中國棋院進行新棋種展示，并就這些非正式比賽項目的普及和發(fā)展方向、模式等問題進行了座談。2001年，國家體育總局批準中國棋院試辦全國性五子棋比賽。2002年8月2-4日，中國棋院舉辦了首屆全國五子棋個人邀請賽。此后每年舉辦一次，直到2006年共五屆全國個人邀請賽。2003年10月底，國家體育總局也批準了中國棋院審定的《中國五子棋競賽規(guī)則》（試行）。2006年2月，國家體育總局對五子棋正式立項，作為圍棋之下的一個二級項目。全國各地也相繼成立了新的五子棋俱樂部，除了較早的北京那威五子棋俱樂部、浙江弈緣五子棋俱樂部，還有河北妙手連珠俱樂部、河南寒月五子棋俱樂部。2007年5月和10月中國棋院先后舉辦了首屆全國五子棋團體錦標(biāo)賽、首屆全國五子棋個人錦標(biāo)賽。2007年8月，中國棋手吳鏑獲第十屆世界連珠錦標(biāo)賽A組冠軍，仇云飛獲世界錦標(biāo)賽冠軍。中國于2006和2008年兩次組隊參加了第六和第七屆世界連珠團體錦標(biāo)賽，均獲得季軍。2009年，五子棋將作為首屆全國智力運動會的正式比賽項目。